৬ষ্ঠ থেকে দাখিল ও আলিম শ্রেণিতে অধ্যয়নরত শিক্ষার্থীদের ভর্তি বাতিল এবং ছাড়পত্র গ্রহণে আবেদন পদ্ধতি ও নিয়মাবলি প্রকাশ করেছে মাদ্রাসা শিক্ষা বোর্ড। বোর্ডের নির্ধারিত ফরমে যথাযথভাবে আবেদন করে নির্দিষ্ট সময়ের মধ্যে রেজিস্ট্রারের দপ্তরে জমা দিতে হবে। আবেদনপত্রে অবশ্যই উভয় শিক্ষা প্রতিষ্ঠান প্রধানের সুপারিশ থাকতে হবে।
আর বোর্ড নির্ধারিত ফি বাবদ ষষ্ঠ থেকে দাখিল পর্যায়ের জন্য ৫০০ টাকা এবং আলিম পর্যায়ের জন্য ৬০০ টাকা মূল্যের ব্যাংক ড্রাফ্ট জমা দিতে হবে। ড্রাফ্টটি “রেজিস্ট্রার, বাংলাদেশ মাদ্রাসা শিক্ষা বোর্ড” বরাবর সোনালী ব্যাংকের যেকোনো শাখা থেকে সংগ্রহযোগ্য। আবেদন গ্রহণের তিন কর্মদিবসের মধ্যে ছাড়পত্র অনুমোদনপত্র ইস্যু করা হবে।
এছাড়া আবেদনপত্রে শিক্ষার্থীর বিস্তারিত তথ্য যেমন নাম, পিতার নাম, পূর্ববর্তী শ্রেণি, ফলাফল, বর্তমানে অধ্যয়নরত মাদ্রাসা ও ভর্তিচ্ছুক প্রতিষ্ঠানের তথ্য, ঠিকানা ইত্যাদি উল্লেখ করতে হবে। উভয় প্রতিষ্ঠানের প্রধান স্বাক্ষর ও সিলযুক্ত প্রত্যয়নপত্র আবশ্যক।
বোর্ড থেকে ছাড়পত্রের অনুমতি পাওয়া গেলে, নতুন প্রতিষ্ঠানকে ১৫ দিনের মধ্যে শিক্ষার্থীকে ভর্তি করে কাগজপত্র বোর্ডে পাঠাতে হবে।


